１．従業員の障害や疾病が，業務上の疾患に該当する場合は，労働基準法１９条１項本文「使用者は，労働者が業務上負傷し，又は疾病にかかり療養のために休業する期間及びその後30日間・・・は，解雇してはならない。」との規定により，原則として，解雇はできません（東京地判H20.4.22。）
２．私傷病の場合
(1) 休職制度がある場合は，休職を命ずることが出来ます。
例えば，就業規則で，
・業務外の傷病のため欠勤が２ヶ月以上に及んだとき
・業務外の疾病により労務提供が不完全なとき
・業務外の傷病のため欠勤が２ヶ月間で１５日に達したとき
・欠勤が継続・断続を問わず２ヶ月間続き，労務提供に支障をきたしたとき
等の規定を置いている場合，その規定に該当した場合，休職を命ずることは可能です。
(2) 解雇制度がある場合は，その規定に該当する場合は，原則として解雇できますが，慎重さも求められています。
例えば，就業規則で，
・休職期間が満了した場合に普通解雇が出来る旨の規定がある場合は，それに該当すると，原 則として解雇が出来ます。
この場合，休職期間は解雇の猶予期間と解されることになります（前掲東京地判H16.3.26）。
この場合は，休職期間を置くことなく直ちに解雇することは，原則として許されません。
(3) 休職期間が満了する前に復職した場合
私傷病になった従業員やその家族が，解雇を避けるために，傷病は治癒した，あるいは，職場復帰が可能になった，との理由で，復職を希望する場合があります。
企業は，通常，就業規則で，「会社の指定する医師の診断書を提出させる場合がある」と言う規定を置いていますので，その場合は，指定医の，治癒証明書や職場復帰可能証明書の提出しなければ復職は認められません。
なお，「職場復帰」の「職場」につきましては，かつては「原職場」としていましたが，最近では，原職場復帰が困難な場合でも，現実に配置可能な他の業務があればそちらで復職させるべきのと見解が主流になっています（東京地判H16.3.26等）。
ただし，精神疾患の場合，新たな環境に身を置くことがストレスとなり再発を惹起しやすい点が指摘されていますので，職場復帰については，医師や従業員の家族と相談の上慎重に対応する必要がある，とされています。
(4) 復職後の再発
就業規則で，「休職の中断期間が2ヶ月未満の時は，前後の休職期間を通算し，連続しているものとみなす」等の規定があれば，その規定により，休職期間の前の休職期間に加算されます。
(5) 休職を命ずることなく解雇できるか？
判例を紹介します。
ア 東京地裁H9.2.7判決
上司に暴言を吐いたり，運転中に事故を起こしたり，事故後の上司からの注意に対しても罵詈雑言を吐いたりした上，本人が病気を認めず治療を受けていないケースについて，就業規則の「精神若しくは身体に障害があるか又は虚弱，老衰，疾病のため業務に堪えないと認めたとき」に当たるとした解雇を有効としています。
イ 東京地判H17.2.18判決
休職期間中に復職後，疾患が再発したため解雇した事例で，裁判所は，この事件では，使用者の業務遂行における支障の程度，同様の病気を持つ他の従業員との均衡を考慮し，解雇権の濫用法理で解雇を無効としましたが，傍論として，従業員の病状の程度が重く，回復の可能性がなく，かつ業務における支障が大きい場合は，即時解雇も可能であることを認めています。
以上の判例から，休職命令を発することなく解雇できるのは，解雇要件を満たし，かつ休職期間満了後も回復の見込みがないと客観的に認められる場合に限られるものと思われます。